第一阶段剧情的最后，主角在探索的过程中不断发现更多虫族猖獗活动的痕迹，并听从指挥官的命令不⛫断探索。但在调查某个可疑地点的时候，主角的小队突然遇到了大量的虫族，仓皇之间想要撤退，但虫海已经将他们完全包围。
主角的小队在激烈的战斗之后，终于🈺🃘杀出一条路，与前来接应的小队会和，但就在这时，地底下突然毫无征兆地钻出来一条沙虫，一下子咬住主角的左臂，将他拖入了地底。
主角跟自己的小队失散了，等回过神来的时候，他已经来到了地底的洞穴🍬🗖中，这里是虫族的巢穴之一。⛫
而从这里开始，游戏则是进入了第二阶🔴🄹段的剧情。
主角使用防护服的潜行能力小心翼翼地在虫族的巢穴中寻找出口，游戏⛦🜨🄩的玩法也从fps变成了潜行为主、射击为辅，只有在小部分不被发现的情况下才能开枪消灭敌人。
主角在虫族巢穴中要避开那些强大的虫族，同时还要不断地🄕♄找🎸寻出口，在这期间内，他所有的补给都来自于跟他差不多的被拖入虫族巢穴的人类战士。
这些人就不像罗舟这样好运了，他们基本上都没能逃出虫族的巢穴，虫族把他们的尸体残骸啃食殆尽后，破烂🅤的防护服、护甲板、能源块等等，🖶就全都堆积在了巢穴中。
每隔一段距离，罗舟都能找到⛯🝼一些虫族的垃圾堆，在里面可以找到一🝌些能废物利用的补给品，以此维持自己防🅤护服的能源和子弹的补给。
在第二阶段，玩家基本上是处于完全孤立无援的状态。跟外界的通讯被切断，也无法很好地确定如何离开虫族巢穴，物资极度匮乏，而且虫族的数量完全超乎💵🖑👶想象。
在这个阶段，游戏难度稍有提升，但并没有提升到很高的程度。没有了队友的支援，主角必须自己解决所有的麻烦，这可能会让玩家们回忆起队友的好；即使拿到了资源也无法换成物资，想要获得补给只能去翻垃圾堆，不管是子弹还是能源都必🂈🌱须特别节省；见到虫族也不能无脑开枪，而是要根据敌人的特点决定是要暗杀、射杀还是避开。
第二段剧情是类似于传统迷宫的构造，玩家可以自由选择路线，但最终还是会走到正确的路线上去。在成功🜪🅀🃚逃离虫族巢穴之后，主角成功跟小队恢复了联络，得知虫族大军正在源源不断地发动进攻，只有找到巢穴中🟘脑虫的位置才能遏制虫族大军。
于是主角再度返回虫族巢穴，最终炸死了藏身在地底的脑虫，非🙰🍾常🜽🇦🚵惊险地逃出生天。
这次事件之后，主角和🌇小队成员受到表彰，继续执行任务。
时间一晃来到数年之后，在这段🍥时间内，人类不断地扩展实际的控制范围，同时拆🉢🉁🄘解零件修复飞船和建造行星发动机的任务也在不断地向前🞀👆推进。
再次从军营中走出来，罗舟抬头就能看到远处正在建造的行星发动机，那是💜💭一座一万多米的巨🔝🁪🈣大山峰，离得很远就能看到。这是第一批修建的行星发动机，到目前为止只是搭起了一个大框架，能够看到无数的小型飞船正在围着它不断忙碌。
即使是这种级别的工程，人🛢🞂类的进度也很快，毕竟是在跟🛱死神争分夺秒。随着游戏进程的推进，每次玩家看向行星发动机的时候都会诧异地发现它好像又完工💵🖑👶了一小部分。