一个星期后，警方将软盘还给了阿笠博士。大家打算立即用博士的电脑进行查询。博士道，“没想到软盘竟然通过了警方的检查。”灰原道，“由组织所配给的软盘，如果没有输入特地的密码，就只是单纯的文书资料。他们是不可能怀疑的。”千钧提醒道，“小心有病毒。”这句话提醒了灰原，“看来我们需要一台单独的电脑来解密，还要防止中毒。”阿笠博士道，“这个我比较在行，电脑我也有备用的。”由于经济条件的改善，博士的生活条件也大大提高了。
经过博士的一番处理，“这样，就算有病毒也不会销毁所有的资料。”接着屏幕上出现输入密码的对话框，灰原上前输入密码。里面不仅仅有药品资料，还有进入那个研究所之前的所有参与药品开发人员的真名和地址，以及代号全部在上面。就连出资赞助的人名都有记录。柯南大喜过望，“如果顺利的话，说不定可以揭穿他们的真实身份。”可是随后电脑出现异常，博士大惊，“怎么会这样？”千钧看出来，“这是病毒啊！”灰原道，“病毒叫做暗夜男爵。”
黑色保时捷，伏特加报告，“大哥，广田那个老头已经死了。”琴酒叼着烟，“那也省了我们的一番功夫。”伏特加道，“不过，那个消失的女人到现在也没有任何消息，我们已经尽力了。”琴酒道，“现在组织的内部正在排查，这次有没有什么人，帮助这个女人逃脱。而且她所有能去的地方，都被我们毁掉了。要不了多久，她就会露出狐狸尾巴来的。”伏特加担心，“大哥，那个药品软盘听说已经被警方扣留查验了。”琴酒笑道，“不用担心，那张软盘上面我们做过手脚。”
随后，二人来到一个秘密据点，得到了组织老大传来的命令，是电话声音，让二人立即隐蔽起来不要再行动，“山本一夫又破获了我们的一个关键基地。组织有部分人员落入秘密调查局手中。你们的行动太招摇了，尤其是你，琴酒！如果再出岔子，你应该知道会有什么结果。而且山本已经知道我们在寻找一个女研究人员，幸好他还并不知道雪莉的具体情况。”琴酒无可奈何，“那我们暂时离开东京一段时间吧。这个山本，真是可怕的对手啊！”伏特加只好道，“寻找雪莉的事情只好先放下了。”
大名鼎鼎的暗夜男爵病毒，只要发现软盘不是在特定的电脑上打开，就会产生不可挽救的程序。柯南抱怨，“博士，你不是采取措施了吗？”博士擦汗，“我没想到是这个病毒，这下子糟糕了。”柯南问道，“那所有的资料？”灰原叹气，“差不多全破坏了，只剩下研究药物的部分资料。博士的预防措施还是起到了一点作用。”千钧道，“那能用来做研究吗？”灰原苦笑，“你说呢？资料残缺严重，脱节又太多，只能慢慢来。”柯南大叫可恶，千钧道，“也不是一无所获，我们至少得到了部分资料，不是吗？”灰原道，“看来我要跟柯南继续相处一段时间了。”千钧道，“我好想看看你长大后的样子……”灰原也无奈，“我也想啊！可想要恢复真身，还需要更长的时间来进行研究。你就再忍忍吧，大色狼！”