目暮警官点头，让他们不要再试图狡辩了，请二人跟自己去警局一趟，二人惊怒，拼命否认，但还是被几位警员推搡着向警车走去。柯南已经发现了破绽，知道情况不对，赶紧麻醉了小五郎，于是沉睡的小五郎推理秀出现，“等一下，目暮警官。”目暮警官只好让大家暂停，回头看见毛利侦探这个样子，有些恼怒，“喂喂，毛利，难道还有什么不对吗？刚才的推理也是你做出来的。”
“哈哈，不好意思，目暮警官，我刚才也被真正的凶手骗过了。那智真吾他们并没有撒谎，的确在那之前安西守男已经被人杀死了，命案是发生在十点以前的。目暮警官，你再仔细看看那个留言，他在那智真吾改写之前，实际上已经被人改写了一次了。”目暮警官有些疑惑，经过大家观察和毛利的提示，“等一下，如果去掉这几笔的话，那留言就是豆垣了。难道凶手是豆垣久作？”大家都看向那位年老的神社社主，“不是他，目暮警官，那把刀只有点电视剧组的人才能拿到。真正的凶手是豆垣妙子。”
所有人都大吃一惊，小兰恼怒，“爸爸，我不是说过嘛，我和洋子小姐离开时，豆垣小姐一直在旅店，而那时安西守男还活着呢，她有不在场证明的。”“当然，如果你看到的是真正的安西守男的话，她的不在场证明才成立。”洋子也愣了，“毛利先生，你的意思是？”“我仔细问过柯南了，你们当时只看到一个貌似安西的男子从里面出来，是通过他的骷髅手表和帽子才认定他是安西的，其实那时候安西守男已经被杀死了，所以当时豆垣小姐才会露出惊讶的表情吧。”
小兰和洋子也恍然大悟，千钧忍不住询问，“毛利大叔，那假扮安西守男的是谁？谁又把留言改成了帅哥？”毛利侦探叹了口气，“是深爱着妙子的岛埼裕二，他取走了已死的安西的骷髅手表并假扮成安西守男，通过这种方式故意把凶案发生时间向后进行了延迟，为的就是给妙子做出不在场证明。改动留言的人也是他，原因只有一个，想帮助自己的未婚妻脱罪。在这之后，又抢在前面将手表等物放回死者的原处。目暮警官，你仔细看看死者手表的表面，只有那里没有血迹的，那是被擦拭后的结果。我说的没有错吧，岛埼先生。”
岛埼裕二恼怒，叫嚣着，“我才是真正的凶手，不管妙子的事情。”毛利侦探叹气，“你并不是凶手，现场的血迹溅得到处都是，你身上却没有一点痕迹。在这里有时间换下血衣并且洗掉血迹的人只有豆垣妙子。”豆垣妙子流着泪走过来，承认了自己才是真凶，与岛埼裕二搂抱在一起痛哭起来。岛埼裕二也承认了刀子上的血迹和指纹也是他擦去的。
豆垣妙子是一个有着不堪回首过去的女孩，因为在高中时父母的早丧和年少叛逆，所以一度和一些狐朋狗友搅在一起，在不经意间泄漏了家中也是神社中神器的秘密，结果神器被偷，而看管神器的杉山先生也因自责而自杀，她因此非常害怕、懊悔而没有说出实情，从此给她留下了无法摆脱的阴霾……多年后，当她准备正准备步入婚姻，迈向新的幸福时，那个偷了神器的无耻无赖安西守男竟旧事重提，还以此勒索威胁，忍无可忍之下，她选择了用刀威胁，以保护来之不易的幸福，但她没想到，对方竟穷凶极恶的冲了过来，混乱间意外失手杀了那个人渣。
事情发生后，她匆忙离去，安西临死前在地上写的是是豆垣，被岛崎裕二看到了，于是改成了帅哥，这样就可以将罪名嫁祸给那智真吾，而自己又特意假扮了死者，意图帮妙子蒙混过关。可是留言又被赶来的那智真吾看到了，于是又添了两笔改成了石狮子。
目暮警官最后将岛埼裕二、豆垣妙子二人一起带走，毛利侦探清醒过来，在千钧的提醒下，知道了案件的简单真相，在洋子面前又洋洋自得起来。可是这次大家的心情都有些沉重，丝毫没有破获案件后的喜悦。后来，经过陪审团和辩护律师的求情，豆垣妙子因防卫过当误杀安西守男被法庭判处2年徒刑，岛埼裕二因故意包庇凶手、嫁祸他人、伪造证据妨碍警方办案，被警方拘役2个月以示警告，那智真吾也受到警方口头警告，倒是他与荻山律子的绯闻愈演愈烈了。毛利侦探因破获该起血迹留言凶杀案，警视厅给以b级奖励。
尾声，冈村因多年的几次行凶，被法庭判处20年徒刑，原配妻子正式与之离婚，反而是后来那位妻子心甘情愿等他出狱，并含泪答应会把他们的孩子抚养长大。高木警官因抓获多年在逃犯被警视厅大力嘉奖，他付出的代价是保举千口文良参加持枪的培训和考试。